След настъпилите промени в българското общество след 1939 г. (затварянето на Американския колеж в Симеоново и семинарията в Самоков вследствие Втората Световна война) евангелистките протестантски църкви в България са лишени от възможността да образоват своите служители за период от петдесет години на територията на страната. След края на тоталитарното управление през 1989 г., началото на прехода към демократизация и създаването на нов обществен климат евангелската протестантска общност в лицето на ръководителите на отделните вероизповедания поставят началото на различни семинарни обучения и курсове от 1991, както и започват програма за образоване на кадрите си.
След известен процес на дискусии и стратегическо планиране, като се вземат под внимание следните фактори: повишаване на изискванията към отделната личност в условията на прехода, присъединяването към Европейския съюз по отношение на качеството на обучение и лична квалификация, необходимостта от изграждане на собствени кадри на територията на страната за нуждата на евангелските протестантски църкви, както и възстановяване на българската евангелска протестантска образователна традиция, се учреди Висш евангелски богословски институт, наричан още ВЕБИ (Заповед № Р-39/14.06.1999 г. на МС).